Öncelikle farenjite neden olan virüsleri ortadan kaldırmak için antibiyotik tedavisi uygulanmalıdır. Daha sonra istirahat, kalorisi yüksek olan besinler, vitamin ve nefesi rahatlatıcı ilaçlar verilebilir. Kronik farenjitin tedavisi oldukça zordur. Hem doktorun tedavi uygulaması hem de hastanın bazı durumlara karşı dikkat etmesi gerekir. Ne kadar dikkat edilse de tam olarak ortadan kaldırılamaz. Tedaviyi uygulamak için, öncelikle farenjiti ortaya çıkaran nedenlere bakılmalıdır. Eğer varsa önce o neden tedavi edilmelidir. Kronik farenjitin tedavisi uzun sürmektedir. Bu nedenle sabır ve titizlikle tedavi gerçekleşmelidir. Basit olan kronik farenjit genellikle gençlerde görülür. Muayenede boğazda kızarıklık ve üzerinde ufak kabarcıklar görülür. Diğer farenjitte ise hastanın boğazında kalınlaşmış mukoza ve lenf bantları görülür. Hasta her sabah kalktığında boğazında ağrı ve bir cisim varmış gibi hissettiğini söyler. Yapılan eksik tedaviler farenjiti uzatır. Eğer hastanın ailevi olarak buna yatkınlığı varsa, hastalığı kolaylaştırıcı faktörlerin ortadan kaldırılması gerekir. En önemlisi, burunda solunumu engelleyen bir kemik eğriliği ya da et varsa düzeltilmesi gerekir. Farenjit tedavisinde ilaçların yanı sıra bitkisel tedavi de uygulanabilir.